南京农业大学设有作物学、植物保护、农业资源与环境、兽医学、食品科学与工程、农林经济管理、现代园艺科学、农业信息学等王牌专业。国家重点学科：作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学。两个学科的国家重点学科：蔬菜学、农业经济管理和土地资源管理。国家重点(培育)学科：食品科学。“十二五”期间，省级重点学科：科技史、畜牧业、公共管理、生态学、本草学。2个学科省重点学科：植物学、微生物学、科技史、食品科学、果树科学、植物营养学、动物营养与饲料科学、基础兽医学、临床兽医学、土地资源与管理、生物信息学、农村发展、植物检疫与生物安全、农业信息学。本科专业纳入南京农业大学。
植物保护
农业资源与环境，环境科学，生态与环境工程。
园艺、风景园林、风景园林、中医、设施农业科学与工程。
动物科学和水产养殖。
动物医学和动物药学。
农林经济管理、国际经济与贸易、市场营销、电子商务、
食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全。
管理与信息系统、计算机科学与技术、网络工程。
土地管理、行政管理、人文地理和城乡规划、人力资源管理、劳动和社会保障。
英语语言文学，日语语言文学。
旅游管理、公共事业管理、法学、社会学、农村区域发展、绩效。
信息与计算科学，应用化学，统计学。
科学和生物技术。
草原科学
金融、会计和投资。
农业机械化及其自动化、交通运输、工业设计、机械设计制造及其自动化、农业电气化、电子信息科学与技术、自动化、工业工程、项目管理、物流工程、车辆工程、材料成型及控制工程。
